Gli organi dell'Autorità sono: Assemblea, Consiglio di Amministrazione, Presidente, Direttore, Organo di revisione.

Assemblea: è l'organo di indirizzo politico e di controllo politico-amministrativo ed è costituita dai rappresentanti legali, o dai loro delegati, degli Enti locali aderenti. Le funzioni dettagliate e l'organizzazione dell'Assemblea sono descritte agli art. 7, 8 e 9 dello Statuto dell'Autorità.

Consiglio di Amministrazione: i componenti sono 3 (Presidente e due Consiglieri) eletti dall'Assemblea e rimangono in carica per 5 anni. I compiti e le modalità di funzionamento del CDA sono descritte agli articoli 11, 12, 13 dello Statuto dell'Autorità.  

Presidente: è eletto dall'Assemblea e rimane in carica per 5 anni, presiede il Consiglio di Amministrazione ed è il rappresentante legale dell'Autorità. Le funzioni del Presidente sono descritte all'art. 14 dello Statuto dell'Autorità.

Direttore: l'incarico è conferito dal Presidente previa deliberazione del CDA, scegliendo tra gli iscritti ad un apposito elenco regionale. Al Direttore compete la responsabilità gestionale e la correttezza amministrativa. Le sue funzioni sono descritte all'art. 17 dello Stauto dell'Autorità.

Organo di revisione: nominato dall'Assemblea, resta in carica 3 anni e vigila sulla regolare tenuta dei conti. Le sue specifhce funzioni sono descritte all'art. 18 dello Stauto dell'Autorità.